بنا به گزارشهای خبرگزاریهای داخلی ایران، بافت کهن و هستهی اولیه محله خانقاه در شهر تاریخی میبد بابت آنچه «توسعه و بازسازی مسجد» عنوان شده بدون دریافت مجوز از شهرداری و میراث فرهنگی تخریب شدهاست.
بنا به گزراش سایت معماری نیوز در زمان تخریب نیروهای یگان حفاظت میراث فرهنگی در محل حضور داشتهاند اما آنها برای توقف کار نیازمند حضور نیروی انتظامی و تهیه صورتجلسه به امضای قاضی بودهاند اما به دلیل رخ دادن این اتفاق در روز تعطیل، امکان شکایت رسمی از سوی اداره میراث فرهنگی وجود نداشتهاست. از سوی دیگر قاضی کشیک هم از صدور حکم توقف امتناع کرده و فقط از نیروی انتظامی خواستهاست به تهیه صورتجلسه و تذکر اکتفا کند . به این ترتیب فرآیند خریب تا دو روز ادامه داشته است که با پیگیریهای حقوقی اداره میراث فرهنگی در حال حاضر کار متوقف شده است.
وسعت بافت تاریخی میبد نزیک به ۸۰۰ هکتار است که با تخریب مرکز محلهی قرن هشتمی محله خانقاه، اصالت و یکپارچگی این بافت ثبت ملی از بین رفتهاست. هر چند هنوز مشخص نیست چه مقدار از این بنای کهن نابود شدهاست. بنا به گزارش خبرگزاری مهر هسته ی اصلی و کهن محله از جمله بخشی از بقعه سید محمد خانقاه و مجموعه پیرامونی آن از بین رفته است.
در طرح توسعه بخشی از مجموعه خانقاه سید محمد خانقاه تخریب شده و فضاهای همجوار مجموعه که شامل بخشی از چله نشینی، قسمتهایی از مسجد جامع و شبستان، تکیه، چند خانه که یکی از آنها جزو خانههای ارزشمند بود؛ تخریب شده است. بقعه شیخ محمد خانقاه مربوط به سده هشت هجری قمری (مربوط به دوران آل مظفر) در ۲۵ اسفند ۱۳۷۹ با شمارهی ثبت ۳۳۵۹ بهعنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است و همجوار مسجد جامع خانقاه قرار دارد.
در همین زمینه ساشا ریاحی مقدم، مدیر پایگاه پژوهشی شهر تاریخی میبد در گفت و گو با خبرگزاری ایسنا گفتهاست: «پایگاه پژوهشی شهر تاریخی میبد در سال ۱۳۹۰ بنا بر در خواست هیات امنای مجموعه طرح توسعه و ساماندهی مجموعه شیخ محمد خانقاه، طرحی را تدوین کرد که از طریق اداره کل میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری استان یزد به اداره اوقاف شهرستان میبد و هیات امنای مسجد ابلاغ شد اما امروز با رویکردی متفاوت از سوی اهالی و دستاندرکاران این مجموعه روبرو هستیم و این اقدام به هیچ عنوان در محدوده بافت ارزشمند و ثبتی محله خانقاه مورد قبول نیست.»
گفتنیست سه سال پیش هم بخشی از مجموعه تاریخی «بابُک» میبد که قدمت آن به دوره آل مظفر میرسید برای ساخت دارالقرآن تخریب شد.