علی مطهری، نماینده مردم تهران در مجلس شورای اسلامی گفته است که در زمان حصر خانگی آیتالله منتظری با وی دیدار کرده و منتظری به او گفته است: «دیدی علی با من چه کردند.»
مطهری گفته است: «اواخر حصر اجازه گرفتم و به دیدنش رفتم. البته باید زودتر میرفتم. منتظری که دوست نزدیک پدرم بود وقتی مرا دید گفت علی دیدی چه کردند با من.»
وی افزود: منتظری گفت تمام وسایل حسینیهام را هم غارت کردند چرا آنها را پس نمیدهند.
به اعتقاد علی مطهری، حصر آیت الله منتظری و برخوردهای صورت گرفته با ایشان «صرفا از آن جهت بود که وی حرف خود را به صراحت و روشنی میگفت.»
مطهری در پایان هم گفت: «در حالی که خود ایشان نه ادعای قائم مقامی داشت و نه ادعای رهبری، فقط آدم صریحی بود و حرف خود را به صراحت و روشنی میگفت. آیا نباید تحمل حرف مخالف را داشته باشیم؟ قبول دارم که ایشان برای رهبری مناسب نبود اما آیا ما به توصیه آقای خمینی که فقاهت منتظری گرمیبخش حوزههای علمیه باشد، عمل کردیم؟»
حسینعلی منتظری پس از آنکه گفت علی خامنهای مرجع تقلید نیست و حق فتوا دادن هم ندارد از سوی خامنهای پنج سال در حصر خانگی قرار گرفت.